2012年贸仲委被指定为《海峡两岸投资保护和促进协议》项下两岸投资争端解决机构之一，贸仲委藉此成立投资争端解决中心，开辟了投资争端解决的新领域。

该中心根据《海峡两岸投资保护和促进协议》的约定或授权，负责以调解方式解决私人投资者与投资所在地一方的争议；根据有关双边或多边投资保护条约或协定的约定或授权，负责以调解、仲裁等方式解决私人投资者与投资东道国之间纠纷。